أصبحت معاناة طلاب جامعة الفرات في التعليم النظامي والموازي، معاناة مركبة ومعقدة، سواء الذين بقوا في الأحياء المحاصرة أم الذين تهجروا والتحقوا بالجامعات الأخرى نقلاً أو استضافةً، وهذه المعاناة لا تقتصر على ما تعرضت له أبنية الجامعة وكلياتها من نهب وتدمير وتخريب، ولا ندرة توفر المناهج والكادر التدريسي فقط، ولا معاناتهم من الغلاء في المعيشة والسكن ولوازم العملية التعليمية من كتب ومقررات وأدوات، وإنما طالت حتى الخدمات الإدارية الضرورية في الجامعة، وفي مكتب التنسيق الذي أحدث في وزارة التعليم العالي بدمشق.